VCF 檔中的 ##contig=<ID=*,lenth=*> 記錄了參考基因體所有染色體的名稱和長度等資訊，而 CHROM 欄位則標示變異所在的染色體。目前，染色體名稱有 UCSC （chr + 染色體編號，例如：chr1和 chrX）和 Ensembl （沒有前綴，僅有染色體編碼，例如：1 和 X）兩種慣例。執行分析時， 如果輸入的 VCF 檔和對應的參考資料採用相異命名慣例，往往會導致分析結果失真。
舉例來說，GIAB 提供的 VCF 檔是評估變異分析常用的資料。這些 VCF 檔採用 Ensembl 慣例，如果拿 UCSC 慣例的 VCF 檔和它們比較，程式會以為沒有找到這些變異。因此，執行分析時，常常要調整染色體名稱，確保分析結果正確。
本文簡介使用 linux sed 和 bcftools 轉換 VCF 檔染色體命名慣例的方式。
比對兩蛋白質字串，計算其最小編輯距離，並以橫槓表示間隔呈現比對結果。
Given: Two protein strings s and t in FASTA format (with each string having length at most 1000 aa).
Return: The edit distance dE(s,t) followed by two augmented strings s′ and t′ representing an optimal alignment of s and t.
hap.py 是比較 VCF 的工具，常配合標準資料集來評估變異分析的效度，它整合了資料處理、集合運算與指標統計等功能，方便用戶解決效度評估常見的問題。
最近生活苦悶，想看點富含貼貼的療癒著作，正好這本《美好少女的垂直社會》現身在網路書城的推薦清單。這本書的插畫很美，而且人物也畫得很可愛，目錄除了數字命名的章節以外，只有兩個女孩的名字：江鯉庭和林鳶。
兩個人！？我想這一定是描寫女孩間純粹美好的友情吧？是那種以各自視角重述彼此接近與曖昧關係，在即將日落的末日世界互相扶持的溫馨故事吧？
讀完前兩章發現自己大錯特錯，所以決定把此書的筆記分類為 sf。
羽衣、帆乃夏和由貴離開京都回到家之後，便著手研究夜未提供的文獻和紀錄。她們從中推論，若能取得保存在東京魔術師總部的最高權杖，由貴將能發揮百分之百的魔力，擁有對抗巨型屍人的力量。驅車前往東京的路上，她們討論起災變的元兇，羽衣認為眾多證據皆指向帆乃夏的姊姊春香策畫了召喚屍人的儀式。由於帆乃夏不相信姊姊有引發災變的動機，所以反感羽衣的指控。不過更讓帆乃夏焦躁不安的是，如果最敬愛的姊姊是讓世人陷入不幸的元凶，那麼帆乃夏該如何走下一步？
目前，nf-core 認證的分析流程皆使用 CSV 管理輸入的樣本資料，這方法會逐列分析 CSV 檔每一列的資料。不過，其它任務排程或系統監控軟體可能更傾向使用 JSON 作為資料傳遞媒介。為了讓 Nextflow 能直接與那些軟體互動，需要能解析 JSON 格式並且逐條執行分析的功能。
由收到的簡訊推論，帆乃夏的姊姊曾和由貴的父親往來。帆乃夏提議在宅邸內尋找相關線索，發現了由貴先前沒留意到的密室。密室內有面鏡子連通其他都市，不過目前僅有通往京都的通道正常運作。
儘管由貴期待能延續與帆乃夏度過的平凡日常，還是跟著帆乃夏穿過鏡子來到京都。她們在那發現一棟屋主遇害的和式住宅，想進一步調查周遭環境時，被一名持槍的女子喝止。那位女子名喚九条夜未，她得知來者身分後隨即封鎖返程的通道。夜未以開啟通道並且說明由貴父親的消息為條件，要求由貴與帆乃夏接受她的指導完成一項秘密任務。
於是，由貴與帆乃夏便搭上夜未的車，回到她與相依為命的外甥女羽衣在京都的庇護所，展開為期一周的特訓。
高中開學日隔天，由貴的學校遭到屍人襲擊。屍人是類似殭屍的怪物，牠們嗜食人肉，而且能感染咬傷的獵物，將其轉變為新的屍人。失控的汽車衝破校門後，屍人如潮水般湧入校園，殺害了上前關心狀況的教師以及隨後逃竄而出的學生。