5uperb0y's blog

使用參考基因體進行分析時，如果沒有提供對應的 Fasta index 檔 (.fai)，很有可能跳出以下這類錯誤訊息：

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# HaplotypeCaller
ERROR MESSAGE: Fasta index file ref.fasta.fai for reference ref.fasta does not exist.
# freebayes
unable to find FASTA index entry for '1'

這個 .fai 究竟是什麼？為什麼許多分析需要它？

因應 GRCh38 納入 alternate contigs (ALT contigs)，BWA 早在 2014 的更新 便開始支援 alt-aware mapping（詳見 bwa/README-alt.md 以及 GATK 的教學）。

使用 alt-aware mapping 模式需要準備 .alt 檔，它記錄了 ALT contigs 在參考基因體 (primary contigs) 的位置，可以用 ALT contigs 拿 BWA 比對參考基因體生成。因此，*.alt* 實際上是 SAM 格式，而不是使用 bwa index 建立的索引格式。

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bwa mem ref.fa alt.fa > ref.fa.alt

在 R503 實驗教室因為我擅自闖入而被封閉前，我和一起參加生物學科競賽的朋友 L 與 R 很常待在那消磨午後時光。R503 教室位於科學大樓五樓，僅在實驗課程期間開放。它平時允許選手借用，但很可能只適合準備筆試，因為顯微鏡鎖在防潮箱，滴管與玻片等耗材也堆在隔壁的儲藏室。現在想來，那裡好像只比一般教室多了水槽和有滑軌抽屜的大桌子，不過我們當時很喜歡。那裡不在教官與老師的巡堂路線上，即使嘻笑打鬧、丟紙飛機、甚至在地上打滾也沒人干涉，很適合焦躁無處宣洩的高三生。

整理房間之所以費時，不只是因為雜物眾多，也是因為房間存放了太多能勾起回憶的小物，在衣物夾層或是抽屜深處找到的紙條、衣物、繪畫等都能讓我們沉浸在過往許久。《時光邊緣的男人》是這種追憶的極端。有些人認為作者滔滔絮絮的風格很難讀下去，不過我覺得這正是作品的主題。

我猜故事靈感可能來自羅斯威爾飛碟墜落事件？故事描述來自異星並化名牛頓的安西亞人，搭乘太空船迫降到地球，利用先進文明知識經營事業，以建造宇宙飛船來解救母星的同胞。

直到音音坦白她暗戀學生會會長，鹿乃才查覺到自己對音音的感情。鹿乃不能接受心愛的對象躺在男人懷裡，打算在音音告白前擄獲她的心。

苦惱的鹿乃在廣讀百合小說後心生一計，她或許能以肉體快感誘使音音愛上自己。鹿乃下定決心，即使得不到音音的心，也想要得到她的肉體。

黑幫神枝組與久利山組的龍頭之爭終於來到了最後環節。為了避免警方干預，他們一直以歌唱或大胃王等非流血項目一較高下。在決定幫派前途的最後一役，雙方決議要以戀愛決勝負：誰能獲得名警朝川真紀之女的芳心，誰就能凌駕另一方成為東京都的霸主。

偶像歌凜在引退後加入了聲優事務所，意外與帶領她的前輩鈴音成為好朋友。鈴音是歌凜的死忠粉絲，所以不願表露自己崇拜的心情，深怕粉絲與偶像的地位差異會破壞她們融洽的關係。不過隨著兩人的距離逐漸拉近，鈴音察覺自己對歌凜的感情似乎不止於景仰，還有些在意，以及很多很多的喜歡。

《少女妄想中》是四則彼此相關的短篇組成的故事，描述三名少女幻想的、無望的以及悖德的愛戀。

火星是最靠近地球的適居行星。探索火星不僅具有科學價值、也能刺激技術發展、凝聚人類社群。作者 Robert Zubrin 主張，我們現今已具備載人火星任務所需的技術。因此，任務的成敗不在於更先進的能源或引擎，而在於政府的決心與大眾的支持。