5uperb0y's blog

Robert Edgar 是 UPARSE 和 UNOISE 等演算法的發明人，也是 Usearch 軟體的開發者，他的網站介紹了標識基因分析的重要概念。本文統整 Edgar 討論序列品質篩選的文章，介紹品質篩選方法和原則。

下圖是 illumina 平台的定序品質報告結果，本文簡介為什麼品質平均分數呈現中間高且兩端低的分布模式。

（各鹼基的平均品質分數在最初約十五個鹼基長處驟升，之後隨長度遞減。圖 / QC Fail。）

這本書首先依照時間順序介紹了搜索地外文明的小故事，接著探討費米悖論的內容以及相關解釋，最後以一篇科幻小說和作者對於地外文明的臆想作結。作者的目的是激起人們的好奇心，所以全書內容淺顯。另一方面作者也在段落間抒發個人意見，表達他對於科學家精神的看法

求一個整數數列使用 insertion sort 所需的數字交換次數

Given: A positive integer $n \leq 10^3$ and an array $A[1..n]$ of integers.

Return: The number of swaps performed by the insertion sort algorithm on $A[1..n]$.

(https://rosalind.info/problems/ins/)

給定 k 個長度為 n 的整數數列，求各數列裡總和為零的三個數字的位置。若存在多組解，則以自位置順序以最靠前的為準。

Given: A positive integer $k \leq 20$, a positive integer $n \leq 10^4$, and $k$ arrays of size $n$ containing integers from $-10^5$ to $10^5$.

Return: For each array $A[1..n]$, output three different indices $1 \leq p < q < r \leq n$ such that $A[p] + A[q] + A[r] = 0$ if they exist, and "-1" otherwise.

(https://rosalind.info/problems/3sum/)

給定 k 個長度為 n 的整數數列，求各數列裡互為加法反元素（相反數）的兩數位置。

Given: A positive integer $k \leq 20$, a positive integer $n \leq 10^4$, and $k$ arrays of size $n$ containing integers from $-10^5$ to $10^5$.

Return: For each array $A[1..n]$, output two different indices $1 \leq p < q \leq n$ such that $A[p] = -A[q]$ if they exist, and "-1" otherwise.

(https://rosalind.info/problems/2sum/)

給定一個數列，求其反序數對 (inversions) 的數量。

Given: A positive integer $n \leq 10^5$ and an array $A[1..n]$ of integers from $-10^5$ to $10^5$.

Return: The number of inversions in $A$.

(https://rosalind.info/problems/inv/)

以 merge sort 遞增排序一個整數數列。

Given: A positive integer $n \leq 10^5$ and an array $A[1..n]$ of integers from $-10^5$ to $10^5$.

Return: A sorted array $A[1..n]$.

(https://rosalind.info/problems/ms/)

給定兩個有序的整數數列，求一個含有兩數列所有數字的有序數列。

Given: A positive integer $n \leq 10^5$ and a sorted array $A[1..n]$ of integers from $-10^5$ to $10^5$, a positive integer $m \leq 10^5$ and a sorted array $B[1..m]$ of integers from $-10^5$ to $10^5$.

Return: A sorted array $C[1..n+m]$ containing all the elements of $A$ and $B$.

(https://rosalind.info/problems/mer/)

《後宮之夜》是結合 ASMR 的試驗性短篇視覺小說，描述主角與逝去愛貓在神明安排下重逢的小小奇蹟。遊戲共有三個結局，總時數約四小時。兩位女主角皆由聲優以特殊麥克風配音，營造出角色在玩家耳邊細語的感覺，遊玩體驗很像在聽坊間的音聲作品。

雖然這款遊戲的情節主要為 H 場景服務，但它其實是在虛構世界中，為那些心懷遺憾的玩家帶來療育的故事。主角島津佳九是一名自由撰稿人，夢想著成為暢銷作家。佳九深信願望一旦說出口就不會成真，所以從不向他人透漏內心的夢想。這個信念與他小時候的經歷有關──佳九的雙親時常吵架，儘管他不斷央求雙方和好，家庭關係仍然緊張，宛若陌生人般住在同一屋簷下。

那時，佳九僅有的玩伴是家裡養的白貓，還有一隻常黏著他的野貓。佳九非常疼愛牠們，可是這兩隻貓就像他的父母一樣總是吵架。佳九不曾放棄讓牠們和好，但一場意外讓他徹底夢碎：兩隻貓都因為車禍過世。他在鄰近神社後方的空地埋葬了兩隻愛貓，哭著向神明祈願能再次與牠們重逢，但願望始終沒有實現。