5uperb0y's blog

大樣本、長時間、多中心研究描繪了嬰幼兒四歲前腸道菌相的發育軌跡和與之相關的外在因素。

Stewart, et al. (2018). Temporal development of the gut microbiome in early childhood from the TEDDY study. Nature 562, 583.

頂著第一名的頭銜自 T 大電影系畢業後，林承渡如願進入知名製片團隊 Netfucks。毫無資歷的他只能從片場的雜役做起，任由其他工作人員使喚。

一日，他在棚內發送便當給正在休息的劇組時，被熟悉的聲音叫住。承渡轉身後隨即愣住，因為眼前的女人是他曾暗戀的學姊李若梨。兩人在大學期間一起修課、唱歌和出遊，感情十分融洽。然而，在承渡決定向學姊告白前，對方卻突然銷聲匿跡。

如今闊別多年重逢，學姊早已嫁為人妻。她仍向當年一樣照顧身為晚輩的自己，可是承渡深知他們之間已不再有其他可能。

儘管如此，他仍答應學姊在收班後共進宵夜的邀約。原以為這只是單純的敘舊，神明卻給兩人開了一場玩笑，將他們傳送到不性愛就不能離開的房間。

為了擺脫監禁，學姊勉為其難和承渡發生關係，但她希望彼此在離開房間後便斷絕關係不再聯絡。然而，神明並不打算放過他們，之後的每一天兩人仍一再被傳送到這間房間，面臨要衷於感情還是恪守道德的抉擇。

使用 Heap sort 遞增排序長度為 n 的整數數列。

Given: A positive integer $n \le 10^5$ and an array $A[1..n]$ of integers from $-10^5$ to $10^5$.

Return: A sorted array $A$.

(https://rosalind.info/problems/hs/)

給定長度為 n 的整數數列，將其轉置為二元最大堆 (binary max heap)。

Given: A positive integer $n \leq 10^5$ and array $A[1..n]$ of integers from $-10^5$ to $10^5$.

Return: A permuted array $A$ satisfying the binary max heap property: for any $2 \leq i \leq n$, $A[\lfloor i/2 \rfloor] \geq A[i]$.

(https://rosalind.info/problems/hea/)

主角赤野聰一的性格輕浮又不愛念書，雖然在朋友指導下幸運考上名校三姬學園，卻因為學業成績不如人而遭到排擠。

他曾試著發憤圖強，但很快便打消念頭，心思全用在意淫自己的同學們。他最常幻想的對象是才貌雙全的學生會長，姬宮月乃。月乃是全校學生憧憬的對象，也因為身為理事長之女而受師長忌憚。

吊車尾的邊緣人和高不可攀的學生會長之間本來沒有任何交集，段考後的一場衝突卻深深改變了他們的人生途徑。

Robert Edgar 是 UPARSE 和 UNOISE 等演算法的發明人，也是 Usearch 軟體的開發者，他的網站介紹了標識基因分析的重要概念。本文統整 Edgar 討論序列品質篩選的文章，介紹品質篩選方法和原則。

本文簡介怎麼用 ggplot2 套件以下圖 B 的方式表示三項連續變數關係。

（Jiao et al. (2017) 利用這三張圖展示了林木周圍不同深度和半徑的土壤微生物多樣性變化。Jiao et al. (2017). Soil microbiomes with distinct assemblies through vertical soil profiles drive the cycling of multiple nutrients in reforested ecosystems. Microbiome.）

R 的 ShortRead 套件用於處理高通量定序產出的 FASTQ 檔，其功能包含讀寫 FASTQ 檔、計算序列統計量、裁切與篩選低品質序列等。目前，ShortRead 被保留在 Bioconductor ，並由開發團隊持續更新與維護。

在 R 視窗中，輸入以下指令即可安裝此套件。

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>if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("ShortRead")

下圖是 illumina 平台的定序品質報告結果，本文簡介為什麼品質平均分數呈現中間高且兩端低的分布模式。

（各鹼基的平均品質分數在最初約十五個鹼基長處驟升，之後隨長度遞減。圖 / QC Fail。）

原本我打算到學校圖書館借 Jeffrey Bennett 和 Seth Shostak 寫的《宇宙中的生命》，卻意外在典藏書庫發現一本由徐氏基金會出版的同名書籍，作者是 Michael W. Ovenden，一名在三十年前便已去世的天文學家，雖然維基百科上有他的條目，但內容也只有職位和生卒年等無趣的資訊。就算翻遍 google 搜尋的每一頁，除了一張不知真偽的肖像照和拍賣網站的著作資訊外，沒有任何人生紀錄。