5uperb0y's blog

伊藤潤二在其短篇漫畫《藏書幻影》中，描述了一位因為恐懼藏書遺失而決定將家中數十萬本書籍默記在心的書迷。不料，他記住所有藏書的內容後，卻沒有留下絲毫空間給自己的回憶與判斷力，只能終日在書堆中，眼神空洞地翻閱書頁、喃喃自語。

在軟體開發領域，我們同樣面臨對於遺忘的擔憂。需求分析、風險評估與架構決策等資訊，在開發過程中逐步累積，既是團隊經驗的傳承，也是產品應稽的依據。因此，各企業透過各式各樣的文件，紀錄程式碼以外稍縱即逝的寶貴思想與知識；對於醫療檢測產品，政府單位也提供了文件撰寫指引，詳細列出文件應具備的項目，以確保產品的安全性。

然而，市場變化與需求異動帶來的時程壓力，也使得團隊陷入開發延宕的恐慌。長期看來，文件固然能提供產品與團隊價值，但是撰寫文件往往是吃力不討好的工作，一方面它不直接改進產品功能，另一方面撰寫文件的努力不亞於軟體開發本身。因此，在迫切需要功能實現或障礙排除時，文件往往是首先被犧牲的項目。

依照我的經驗，對於如何撰寫文件的倡議，往往基於對內容的保障，未必會考量到維護齊全文件的成本。於是，團隊因為文件與開發的衝突，在棘手的情境間左右為難：要不因為害怕遺漏資訊而導致開發遲滯，又或憂懼逾期交付而造成紀錄不全。

因此，在這篇文章中，我嘗試跳脫基於儲存資訊的文件框架，加入一些專案管理的觀點，來思考解決兩者衝突的策略，從而避免過時、錯誤或不全等貶損文件價值的不利因素。

有些指令很常用，但使用頻率不見得高到能讓人既起來。那麼，除了使用記事本以外，還有什麼方法能有效管理這些指令呢？

本文總結一些管理指令的經驗和訣竅，並且介紹好用的開源工具供參考。

莎拉．西格教授任職於麻省理工學院，她因在系外行星探測的理論與實踐上的傑出貢獻，於 2014 年獲頒麥克阿瑟獎。我第一次看到她的名字是在《五十億年的孤寂》一書中，此書訪談了第一線天文學家，介紹學界在尋找地外生命的嘗試、成功與挫敗，描繪出天文生物學的發展軌跡。書中不僅多次提到尋找地外生命的挑戰，還討論了社會支持對科研突破的影響。

全書以莎拉的訪談作結（由於書不在手，我只能大略描述），描繪了喪偶莎拉在黎明前拖著獨木舟航向一個對於她自己，或是地外生命探索而言都同樣晦暗不明的未來。

相較於《五十億年的孤寂》，這本書則是莎拉的人生回顧，讓我們得以從她的視角，看到一位科研人員如何因憧憬而投身科研，為什麼堅持下去，以及科研之外的事件如何影響個人的信念和觀點？

這本書是由五個角色書信往來所構成的故事，他們分別是厭惡市儈作風的文藝青年炎丈流、故意寫英文情書來評價心儀對象的美艷寡婦冰真間子、收藏著五百條領帶和收養五隻貓的風流男士山鳶夫、對工作毫無熱誠只等著嫁人的粉領族空美津子，以及執著於奶油蛋糕和彩色電視機的丸虎一。

Cyberspace 首見於威廉吉布森的著作，是指由可彼此互動的實體連結而成的網路空間，諸如物聯網、網際網路乃至生物體的訊息傳遞網路也可屬其範疇。

在《神經喚術士》(Neuromancer) 裡，吉布森為讀者描述了一個義體改造、意識研究與生化科技發達的世界。在這世界中，熱衷竊取情報與資訊的好手能透過面板將神經系統與網路連結，從而擺脫肉體束縛，讓意識遨遊在 cyberspace 之中。

顯然，故事中的 cyberspace 是至今尚未實現的概念，我們仍然仰賴鍵盤、滑鼠與螢幕等人機介面與網際網路的另一端互動。那麼，吉布森要怎麼描述意識連結到龐大而無遠弗屆的 cyberspace 時，會呈現什麼景象呢？

撰寫軟體的理想目標是讓程式碼自我解釋，使得任何受過訓練的工程師能夠僅靠程式碼本身理解其含意。然而，隨著軟體功能與部件日益複雜，我們仍須依賴額外的文件來說明程式碼的商業邏輯、運作情境與潛在限制等背景知識。

在生物資訊軟體開發領域，尤其是醫療軟體開發中，文件的詳盡程度與正確性尤為重要。為了把關產品品質與和保障用戶權益，醫療產品驗證要求產品送審時提供完整的軟體設計、需求分析和產品驗證報告。這些文件的種類繁多且規範細緻，撰寫和維護這些文件往往成為開發者的重擔。

減輕這種負擔的一種方法是讓開發人專注於與開發相關的文件，並將這些文件作為合規文件的來源。透過簡化文件類別和統一內容來源，來簡化文件撰寫和維護的流程。

因此，本文整理了常見的生物資訊軟體開發文件，闡述與開發密切相關的文件類型，並列舉優良的撰寫指南，同時對各類文件的定位差異提出個人見解。

天文生物學（Astrobiology）是研究生命在宇宙中形成、演化和分布的跨領域學科。由於至今只在地球上發現生物，所以眼下課題就是釐清形成地球生命的機制與先決條件，欲達成這目標不僅得追溯組成生物的原料來源，還需了解有哪些因素影響適居環境的構成，並從演化和地質證據推敲無機物轉變為生物的過程。

利用前述知識，研究者得以探討太陽系其他天體存在生命的可能，當今最具希望者無疑是我們的鄰居火星，不過類木行星的衛星，例如歐羅巴、泰坦，也有孕育生命的潛力。倘若能在這些迥異的環境中發現生命，它將成為地球生命的對照組，有助於釐清「生命是什麼？」這類問題，也會擴張對生命起源條件的想像。目前歐洲和美國太空總署皆有探索生命跡象的太空任務，至於迄今人類科技水準仍無法到達的遙遠恆星系統，則有賴天文觀測及光譜分析技術去尋找生命存在的間接證據。

總而言之，天文生物學不只是天文學加上生物學，它集結了宇宙學、演化學、地球科學、資訊科學、生物化學、比較行星學、分子生物學……等等無數學科，研究對象從五微米大的細胞到十萬光年長的星河，從宇宙爆發到生命誕生。因此，無論喜歡哪種尺度、身懷哪種學術專業，只要想探索生命起源的終極問題，總能在其中找到安身立命的地方。

本文整理了有關天文生物學（Astrobiology）的書籍、線上課、演講等學習資源，並依其內容劃分為通論、生命起源、搜索地外生命、科學史四類，歡迎大家留言補充。

本文介紹使用 docstring 的好處，並且探討如何在 Nextflow 使用多行註解模仿 python 的 docstring，從而改善撰寫與維護開發文件的流暢性。

Nextflow 的命令列介面對開發者而言已相當全面，但對一般用戶而言，仍有可以改善的空間。本文介紹一些 Nextflow 的內建功能，可以因應不同的專案結構，改善用戶的命令列使用體驗。

假設在很久很久以後的未來，人類有能力偵測到發生在多重宇宙各時間線的事件，也有演算法來比較事件間的異同，從而彙整出能代表多數宇宙歷史的標準時間線。利用跨宇宙與跨時間線的全史資料，往後的史家能將蒐集的歷史資料與標準時間線比較，推測事件的偶然與必然，指引未來史的發展方向。

面對龐大歷史分歧資料，這些史家或許需要適當的格式與軟體來管理之。對於這個數萬年後才會出現的新興史學與其困境，我想聊聊一些衍伸自生物資訊經驗的想像和白日夢……