Cyberspace 首見於威廉吉布森的著作,是指由可彼此互動的實體連結而成的網路空間,諸如物聯網、網際網路乃至生物體的訊息傳遞網路也可屬其範疇。

在《神經喚術士》(Neuromancer) 裡,吉布森為讀者描述了一個義體改造、意識研究與生化科技發達的世界。在這世界中,熱衷竊取情報與資訊的好手能透過面板將神經系統與網路連結,從而擺脫肉體束縛,讓意識遨遊在 cyberspace 之中。

顯然,故事中的 cyberspace 是至今尚未實現的概念,我們仍然仰賴鍵盤、滑鼠與螢幕等人機介面與網際網路的另一端互動。那麼,吉布森要怎麼描述意識連結到龐大而無遠弗屆的 cyberspace 時,會呈現什麼景象呢?

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撰寫軟體的理想目標是讓程式碼自我解釋,使得任何受過訓練的工程師能夠僅靠程式碼本身理解其含意。然而,隨著軟體功能與部件日益複雜,我們仍須依賴額外的文件來說明程式碼的商業邏輯、運作情境與潛在限制等背景知識。

在生物資訊軟體開發領域,尤其是醫療軟體開發中,文件的詳盡程度與正確性尤為重要。為了把關產品品質與和保障用戶權益,醫療產品驗證要求產品送審時提供完整的軟體設計、需求分析和產品驗證報告。這些文件的種類繁多且規範細緻,撰寫和維護這些文件往往成為開發者的重擔。

減輕這種負擔的一種方法是讓開發人專注於與開發相關的文件,並將這些文件作為合規文件的來源。透過簡化文件類別和統一內容來源,來簡化文件撰寫和維護的流程。

因此,本文整理了常見的生物資訊軟體開發文件,闡述與開發密切相關的文件類型,並列舉優良的撰寫指南,同時對各類文件的定位差異提出個人見解。

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天文生物學(Astrobiology)是研究生命在宇宙中形成、演化和分布的跨領域學科。由於至今只在地球上發現生物,所以眼下課題就是釐清形成地球生命的機制與先決條件,欲達成這目標不僅得追溯組成生物的原料來源,還需了解有哪些因素影響適居環境的構成,並從演化和地質證據推敲無機物轉變為生物的過程。

利用前述知識,研究者得以探討太陽系其他天體存在生命的可能,當今最具希望者無疑是我們的鄰居火星,不過類木行星的衛星,例如歐羅巴、泰坦,也有孕育生命的潛力。倘若能在這些迥異的環境中發現生命,它將成為地球生命的對照組,有助於釐清「生命是什麼?」這類問題,也會擴張對生命起源條件的想像。目前歐洲和美國太空總署皆有探索生命跡象的太空任務,至於迄今人類科技水準仍無法到達的遙遠恆星系統,則有賴天文觀測及光譜分析技術去尋找生命存在的間接證據。

總而言之,天文生物學不只是天文學加上生物學,它集結了宇宙學、演化學、地球科學、資訊科學、生物化學、比較行星學、分子生物學……等等無數學科,研究對象從五微米大的細胞到十萬光年長的星河,從宇宙爆發到生命誕生。因此,無論喜歡哪種尺度、身懷哪種學術專業,只要想探索生命起源的終極問題,總能在其中找到安身立命的地方。

本文整理了有關天文生物學(Astrobiology)的書籍、線上課、演講等學習資源,並依其內容劃分為通論、生命起源、搜索地外生命、科學史四類,歡迎大家留言補充。

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Nextflow 的命令列介面對開發者而言已相當全面,但對一般用戶而言,仍有可以改善的空間。本文介紹一些 Nextflow 的內建功能,可以因應不同的專案結構,改善用戶的命令列使用體驗。

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假設在很久很久以後的未來,人類有能力偵測到發生在多重宇宙各時間線的事件,也有演算法來比較事件間的異同,從而彙整出能代表多數宇宙歷史的標準時間線。利用跨宇宙與跨時間線的全史資料,往後的史家能將蒐集的歷史資料與標準時間線比較,推測事件的偶然與必然,指引未來史的發展方向。

面對龐大歷史分歧資料,這些史家或許需要適當的格式與軟體來管理之。對於這個數萬年後才會出現的新興史學與其困境,我想聊聊一些衍伸自生物資訊經驗的想像和白日夢……

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The principle says that the majority of effects come from the minority of causes.

本文是《精通無瑕程式碼:工程師也能斷捨離》 其中一章的心得。

80/20 法則是指少數變項左右了多數結果,它既不是能預測結果的物理定律,也不是行事時得遵循的規範。精確來說,80/20 法則是一項觀察,它可以讓我們思考,假設自己在乎的事情遵循這種分布,對我們的決策和努力方向有什麼影響。

雖然這原則對近代的讀者而言應該是耳熟能詳,但我覺得作者 Mayer 的解讀引人入勝。文中除了實際案例也有簡單計算來佐證為什麼基於 80/20 法則,我們要投資成本在抉擇、必須保持專注、要關心核心的指標等等。因此,我覺得蠻值得寫一則心得來記錄。

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新的一年好不容易提振精神來寫文章,想說先把文章的調整更新到網站上。不料,輸入完 hexo clean && hexo delopy 之後,雖然 Github action 顯示部屬正常,但網頁卻無法瀏覽,分別顯示 “This is not the web page you are looking for” 以及 “There isn’t a GitHub Pages site here”

This is not the web page you are looking for.

TL;DR: 如果你也碰到這情形,可能是 hexo 部屬工具不全或是,上網隨便找一篇教學,或參照以下指令把相關套件更新後再部屬看看。

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npm install -g npm-upgrade
npm-upgrade
npm update
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tabletop simulator VSCode 開發環境設定

Tabletop Simulator 是一款多人桌遊模擬器,提供強大的 Lua 腳本支援,讓玩家可以開發自訂遊戲。

然而,遊戲內建的腳本編輯器比記事本還難用,所以如果想要編輯複雜的腳本,仍有必要使用外部編輯器。鑒於網路上的資源稀少,我想在本文分享一下建立開發環境的經驗和總結。

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