5uperb0y's blog

給定兩等長字串 s 和 t，計算兩者的 Hamming distance dH(s,t)

Given: Two DNA strings s and t of equal length (not exceeding 1 kbp).

Return: The Hamming distance dH(s,t).

(https://rosalind.info/problems/hamm/)

本文純粹是技術問題。我之前以 Qiime2 外掛的 DADA2 處理已切除轉接子的 16S rRNA 基因序列 (V4 region) 時，因為以下錯誤而中斷了執行四天的程式。

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Plugin error from dada2: An error was encountered while running DADA2 in R (return code 1), please inspect stdout and stderr to learn more.

給定 DNA 序列，回傳其反向互補序列。

Given: A DNA string s of length at most 1000 bp.

Return: The reverse complement sc of s.

(https://rosalind.info/problems/revc/)

小說¹是以主角朋友的紀錄呈現。開頭場景類似電影《來自地球的人》，是一場舉行在主角家裡的沙龍。當一夥人正熱烈討論著時空本質時，主角現身向他們展示了正在打造的時光機器。不過要到主角衣衫襤褸，渾身是傷地出現在再次造訪的友人面前，讀者才得以讀到由敘事者轉述，主角經歷的未來冒險。

給定 DNA 字串，依照 “A”、”C”、”G”、”T” 的順序，印出四種鹼基符號的數量。

Given: A DNA string s of length at most 1000 nt.

Return: Four integers (separated by spaces) counting the respective number of times that the symbols ‘A’, ‘C’, ‘G’, and ‘T’ occur in s.

(https://rosalind.info/problems/dna/)

1958年，三島由紀夫在《明星週刊》連載不道德教育講座，針對當代日本的文化、事件與風俗，提出有違常人價值觀的看法，例如「應該盡量說謊」、「要打從心底瞧不起老師」、還倡議「千萬不要遵守諾言」。

據他所述，老掉牙的說教作品無趣又矯情，與其重述時下倡導的道德教育，不如談些大逆不道的誇張故事還來得有趣。畢竟，讀者在看了這些荒謬情節之後，沒有產生群起效法的念頭，反倒被激起高尚的品德也說不定。

坦白講，讀過三島由紀夫其他詞藻華美、情節扭曲的小說之後，很難想像這些專欄文章出自同一人之手。《不道德教育講座》裡頭雖然有些看法引人深思，但也充滿反串、強詞奪理、偏見和誇飾的論述，簡直就像是穿越回二十世紀中葉的 PTT 八卦版鄉民。

伊藤潤二在其短篇漫畫《藏書幻影》中，描述了一位因為恐懼藏書遺失而決定將家中數十萬本書籍默記在心的書迷。不料，他記住所有藏書的內容後，卻沒有留下絲毫空間給自己的回憶與判斷力，只能終日在書堆中，眼神空洞地翻閱書頁、喃喃自語。

在軟體開發領域，我們同樣面臨對於遺忘的擔憂。需求分析、風險評估與架構決策等資訊，在開發過程中逐步累積，既是團隊經驗的傳承，也是產品應稽的依據。因此，各企業透過各式各樣的文件，紀錄程式碼以外稍縱即逝的寶貴思想與知識；對於醫療檢測產品，政府單位也提供了文件撰寫指引，詳細列出文件應具備的項目，以確保產品的安全性。

然而，市場變化與需求異動帶來的時程壓力，也使得團隊陷入開發延宕的恐慌。長期看來，文件固然能提供產品與團隊價值，但是撰寫文件往往是吃力不討好的工作，一方面它不直接改進產品功能，另一方面撰寫文件的努力不亞於軟體開發本身。因此，在迫切需要功能實現或障礙排除時，文件往往是首先被犧牲的項目。

依照我的經驗，對於如何撰寫文件的倡議，往往基於對內容的保障，未必會考量到維護齊全文件的成本。於是，團隊因為文件與開發的衝突，在棘手的情境間左右為難：要不因為害怕遺漏資訊而導致開發遲滯，又或憂懼逾期交付而造成紀錄不全。

因此，在這篇文章中，我嘗試跳脫基於儲存資訊的文件框架，加入一些專案管理的觀點，來思考解決兩者衝突的策略，從而避免過時、錯誤或不全等貶損文件價值的不利因素。

有些指令很常用，但使用頻率不見得高到能讓人既起來。那麼，除了使用記事本以外，還有什麼方法能有效管理這些指令呢？

本文總結一些管理指令的經驗和訣竅，並且介紹好用的開源工具供參考。

莎拉．西格教授任職於麻省理工學院，她因在系外行星探測的理論與實踐上的傑出貢獻，於 2014 年獲頒麥克阿瑟獎。我第一次看到她的名字是在《五十億年的孤寂》一書中，此書訪談了第一線天文學家，介紹學界在尋找地外生命的嘗試、成功與挫敗，描繪出天文生物學的發展軌跡。書中不僅多次提到尋找地外生命的挑戰，還討論了社會支持對科研突破的影響。

全書以莎拉的訪談作結（由於書不在手，我只能大略描述），描繪了喪偶莎拉在黎明前拖著獨木舟航向一個對於她自己，或是地外生命探索而言都同樣晦暗不明的未來。

相較於《五十億年的孤寂》，這本書則是莎拉的人生回顧，讓我們得以從她的視角，看到一位科研人員如何因憧憬而投身科研，為什麼堅持下去，以及科研之外的事件如何影響個人的信念和觀點？

這本書是由五個角色書信往來所構成的故事，他們分別是厭惡市儈作風的文藝青年炎丈流、故意寫英文情書來評價心儀對象的美艷寡婦冰真間子、收藏著五百條領帶和收養五隻貓的風流男士山鳶夫、對工作毫無熱誠只等著嫁人的粉領族空美津子，以及執著於奶油蛋糕和彩色電視機的丸虎一。