5uperb0y's blog

我們所知的生命形式有許多共同特徵，例如遵循分子生物學中心法則、以 DNA 為遺傳系統、使用特定手性的醣類和蛋白質等。然而既存生物的共同性源於最後普適共祖 (Last Universal Common Ancestor, LUCA) 的祖徵，探討哪些祖徵為歷史因素的偶然，哪些祖徵為形成生命的必然，是了解既存生命這項特例以及生命自身原理需解決的問題。

在標識基因分析中，會以引子 (primer) 鎖定目標基因兩端的保守區，以截獲其中可提供分類資訊的變異區。例如由 Caporaso et al (2012) 設計，常用於研究人體腸道微生物的 515F/806R 引子，便能擴增 16S rRNA 的 V4 變異區，獲得長度約為 253 bp 的序列（順向擴增起點座標 - 逆向擴增起點座標 +1 - 順向引子長度 - 逆向引子長度 (806 - 515 + 1 - 19 -20 = 253 bp) ）。

僅憑印象判斷，可能會以為16S rRNA V4 區域兩端的保守區間距變化不大，所以引子擴增出的序列應具有相似長度，但實際上並非如此。下圖為 DIABIMMUNE 計畫，嬰兒腸道微生物 16S rRNA V4 區域的擴增結果。雖然多數的序列集中在 253 bp，但周圍仍有長度從 37 bp 到 258 bp 的序列。

（這張圖中呈現的資料已經事先經過許多處理，所以不是原始資料的長度分布。但我想以此圖說明，即使是從保守區擴增出來的片段，也不會只有一種長度。）

這些長度不一的序列可能是具有生物含義的正確序列，也可能是定序和建庫過程中產生的偽序列，亦或是資料處理時引進的誤差。由於長度不一有許多成因，所以資料處理的方式也因成因而異。

使用 microbiome 套件（R 語言）分析微生物相的 α 多樣性時，要先以 alpha 指令計算多樣性指標。然而，如果使用舊版套件會跳出以下錯誤，此時只要安裝新版即可解決問題。

Error in richness(x, detection = 0, index = “observed”) : unused argument (index = “observed”)

在 Linux 執行 Perl、R 或 Python 腳本時，有幾種情況可能會跳出 “bad interpreter: No such file or directory”。

這部由主線──笑臉男事件和支線──電子腦、義體普及引發新型社會問題組成。

主線外的小故事可以獨立看，不影響通篇劇情理解。但是支線是以公安九課的各幹部為主角(還有思考機器人，塔奇克馬)，只聚焦笑面男事件就會錯失了解個別配角的機會。例如每次調查幾乎都是佗古薩上陣，笑面男的突破線索幾乎由這個有家庭沒義體化的new comer給找出來。

不過我覺得笑面男事件結尾有點不過癮，反派顯得不夠力。前頭醞釀的巨大陰謀在夕陽西下的最後一集平淡結束，讓前一集被激起的情緒無處宣洩。

我在上課的時候發現，把任何定義裏頭的名詞換成人生，聽起來都會很有道理。

本文簡介 UniFrac 的意義與計算方式，並以其他文獻補充 Robert Edgar 對 UniFrac 的評論。

相較於影片，要以圖文解釋複雜動作有許多限制，所以此書的重點不在於老生常談的技術內容，而是引進刻意練習的帶隊觀念。

訓練的目的是在比賽中獲勝。而比賽取勝則是我方投、打、傳、接等基本技巧，以及戰術、補位和佈陣等團體默契勝過對方。

流於形式的訓練無法讓技術進步，惟有發現真正的不足，思考進步方法並付諸實行，才是訓練的根本意義。

本文是 Mitalk 4 講座「科普如何當飯吃？」的聽講心得，陳俊堯老師在演講一開始先回答了這問題，再一一告訴我們，如果無法靠寫科普賺錢營生，那麼從事研究的學生、老師和學者們，到底有什麼理由勞心費神去寫科普文？

科普如何當飯吃？做夢吧，科普怎麼可能當飯吃。

既然我不是微生物學家，也沒成果可以投稿，而且也沒人逼我報名，為什麼我想參加 MiTalk 年輕科學家工作坊？