在執行腳本前，Nextflow 會讀取設置檔 (configuration files) 中的參數，將之代入腳本的對應位置後再執行程式。這項特性有助於使用者管理複雜流程的輸入值與環境設定，也將具體數值從流程邏輯抽離，讓開發者專注於流程的梳理與串接。
然而，隨著流程腳本改版，設置檔的內容也可能跟著改變，是否有方法能記錄執行流程時使用的設置檔，以利往後重現分析或追蹤歷次設定？
在這篇文中，我首先介紹了 nextflow 導入參數的方式，再陳述取回參數的可行策略，並附上這些策略的最簡範例供參考。
一般而言，若想要背景執行 linux 指令，可在指令末端添加 &，或是透過 ctrl + z 配合 bg %n 將執行中的指令挪到背景執行。然而，nextflow 腳本卻不適用這種做法（version >= 21.10.6），指令挪到背景後會陷入停止狀態。
1 | $ nextflow run workflow.nf & |
一旦陷入停止狀態，會變得異常難清，要用 kill %n && fg 才能一次清掉（參考論壇的討論）。
Given an integer array
nums, returntrueif any value appears at least twice in the array, and returnfalseif every element is distinct.
(給定一整數陣列，判斷其中是否含重複的數字。)
Example:
Input: nums = [1,2,3,1]
Output: true
1953年，在試管裡的雷鳴閃電與水氣蒸騰之後，米勒與尤里成功在模擬的早期地球環境中合成胺基酸，開啟了研究生命起源的先河。
隨著多種有機質在實驗室合成或於隕石中發現，研究人員逐漸了解生命的物質來源。然而，散落各處的有機質需要彼此接觸才有機會引發生化反應。在早期環境中，有什麼物質能夠形成容器，匯集生命形成所需的反應物？
All-Species Living Tree Project (LTP)1 旨在維護所有已知古菌和細菌 type strain 的 16S rRNA 基因序列，並基於這些序列，建立古菌和細菌的譜系樹。
LTP 主要由四個單位參與
（自 2020 年起，LTP 的遷出 SILVA，獨立為一個網頁：https://imedea.uib-csic.es/mmg/ltp/）
LTP 的資料常用於 16S rRNA 基因增幅序列的物種註解，而基於其收錄序列所構建的譜系樹，也能作為 Phylogenetic placement 的基礎2。
另外，由於 LTP與 RDP training set 都只收錄了 type strain 的序列資料，所以相較於透過序列預測建立的資料庫，LTP 的序列資料較為可靠，能避免在物種註釋時，要在分類錯誤之外面臨資料庫錯誤的問題。
儘管 LTP 已是人工維護且品質好的資料庫，但目前版本 ( LTP_01_2022) 的部分物種資訊仍有誤騰的狀況。在官方修正這些問題之前，資料庫的使用者得自己訂正這些錯誤。
我對論文寫作的第一印象是「寫論文很難，要花很長的時間才能完成，而且從準備到發表過程中會受到大量的批判，一路過關斬將才有機會嶄露頭角」。
所以每當開啟 word 檔開始打字的時候，都有起步的焦慮感：覺得自己還沒準備好，想要把文獻回顧完全，研究結果做到滴水不漏才有辦法動筆。
這種印象部分奠基於碩士論文寫作經驗，當時往往盯著螢幕許久沒有任何想法，最後歸因於自己文獻回顧不夠完整或是研究做得不夠完善。
我意識到阻礙我進展的是對於完美論文的期待，我期待論文能夠達到讓我感到愉悅和成就感的標準。
然而，人們總是無法在初稿時達到滿意的程度吧？而且論文需要於修改中逐漸精緻，沒辦法一蹴可幾，我的期待反過來成為我的壓力。
為了舒緩這種壓力和焦慮，我轉而把精力投注在文獻回顧或改進研究內容。雖然多做準備能暫時減緩我的焦慮和踏實感，但這只是將自己的壓力和負擔延後，之後將面對更多的時間、資源和要求的壓力。
本文介紹程式碼定義變項的符號與 nextflow 內建語法衝突時，有哪些選項可以解決之。
RDP classifier 是基於 Naive Bayes 的物種分類器，常用於註解 16S rRNA 基因序列的分類資訊。除了使用內建的 RDP 資料庫以外，RDP classifier 也允許使用自訂資料庫來訓練分類器。除了內建的 RDP database，也支援以其他資料庫來訓練分類器。
目前，RDP classifier 的核心演算法已被整合到 Mothur 和 DADA2 等流程的副程式庫，所以只要有安裝這些流程軟體，即使沒有安裝 RDP classifier，也能以相同的演算法註解物種資訊。然而，若想要依據自訂或最新的資料庫註解序列，或是使用 copy number 校正等功能，仍有獨立使用 RDP classifier 的必要。
本文將介紹三種下載和安裝 RDP classifier 的方式。