5uperb0y's blog

1953年，在試管裡的雷鳴閃電與水氣蒸騰之後，米勒與尤里成功在模擬的早期地球環境中合成胺基酸，開啟了研究生命起源的先河。

隨著多種有機質在實驗室合成或於隕石中發現，研究人員逐漸了解生命的物質來源。然而，散落各處的有機質需要彼此接觸才有機會引發生化反應。在早期環境中，有什麼物質能夠形成容器，匯集生命形成所需的反應物？

All-Species Living Tree Project (LTP)¹ 旨在維護所有已知古菌和細菌 type strain 的 16S rRNA 基因序列，並基於這些序列，建立古菌和細菌的譜系樹。

LTP 主要由四個單位參與

• LPSN 提供分類與命名資訊 (https://www.bacterio.net/)
• ARB 支援譜系樹建立與分類 (http://www.arb-home.de/)
• Ribocon 則負責資料庫的管理 (https://www.ribocon.com/)
• SILVA 則提供序列資料庫、計算資源與網頁介面 (https://www.arb-silva.de/)

（自 2020 年起，LTP 的遷出 SILVA，獨立為一個網頁：https://imedea.uib-csic.es/mmg/ltp/）

LTP 的資料常用於 16S rRNA 基因增幅序列的物種註解，而基於其收錄序列所構建的譜系樹，也能作為 Phylogenetic placement 的基礎²。

另外，由於 LTP與 RDP training set 都只收錄了 type strain 的序列資料，所以相較於透過序列預測建立的資料庫，LTP 的序列資料較為可靠，能避免在物種註釋時，要在分類錯誤之外面臨資料庫錯誤的問題。

儘管 LTP 已是人工維護且品質好的資料庫，但目前版本 ( LTP_01_2022) 的部分物種資訊仍有誤騰的狀況。在官方修正這些問題之前，資料庫的使用者得自己訂正這些錯誤。

我對論文寫作的第一印象是「寫論文很難，要花很長的時間才能完成，而且從準備到發表過程中會受到大量的批判，一路過關斬將才有機會嶄露頭角」。

所以每當開啟 word 檔開始打字的時候，都有起步的焦慮感：覺得自己還沒準備好，想要把文獻回顧完全，研究結果做到滴水不漏才有辦法動筆。

這種印象部分奠基於碩士論文寫作經驗，當時往往盯著螢幕許久沒有任何想法，最後歸因於自己文獻回顧不夠完整或是研究做得不夠完善。

我意識到阻礙我進展的是對於完美論文的期待，我期待論文能夠達到讓我感到愉悅和成就感的標準。

然而，人們總是無法在初稿時達到滿意的程度吧？而且論文需要於修改中逐漸精緻，沒辦法一蹴可幾，我的期待反過來成為我的壓力。

為了舒緩這種壓力和焦慮，我轉而把精力投注在文獻回顧或改進研究內容。雖然多做準備能暫時減緩我的焦慮和踏實感，但這只是將自己的壓力和負擔延後，之後將面對更多的時間、資源和要求的壓力。

本文介紹程式碼定義變項的符號與 nextflow 內建語法衝突時，有哪些選項可以解決之。

RDP classifier 是基於 Naive Bayes 的物種分類器，常用於註解 16S rRNA 基因序列的分類資訊。除了使用內建的 RDP 資料庫以外，RDP classifier 也允許使用自訂資料庫來訓練分類器。除了內建的 RDP database，也支援以其他資料庫來訓練分類器。

目前，RDP classifier 的核心演算法已被整合到 Mothur 和 DADA2 等流程的副程式庫，所以只要有安裝這些流程軟體，即使沒有安裝 RDP classifier，也能以相同的演算法註解物種資訊。然而，若想要依據自訂或最新的資料庫註解序列，或是使用 copy number 校正等功能，仍有獨立使用 RDP classifier 的必要。

本文將介紹三種下載和安裝 RDP classifier 的方式。

TL:DR：輸入 R/Rstudio console 的指令之容量上限為 4095 bytes。若超出上限，console 會忽略超出的部分，顯示 + 提醒使用者補完剩餘指令。

本書並非控訴，也非懺悔。它試圖報導一個被戰爭摧毀的世代——儘管有些人得以在炮火下幸免於難。

年輕人在追求國族主義的師長鼓吹下，即使帶有疑慮，仍在「民族」、「愛國」、「勇氣」等氛圍下從軍。然而，和崇高精神相悖的軍隊文化很快地磨耗青年人的熱情。軍隊唯一的目的是把所有人鑄成合格的士兵其中不注重思想，只在乎規矩和系統。

illumina 的 Miseq 和 Hiseq 平台常用於定序 16S rRNA 基因特定變異區的增幅產物。因為這兩平台皆屬雙端定序 (paired-end sequencing)，所以每一條 DNA 都會獲得順向和逆向的序列（即定序結果）。在資料處理時，須比對這對序列的重疊區域，再基於重疊區域合併雙方，才能重建出代表該 DNA 的完整序列。

不管使用的軟體為 FLASH 、PEAR 還是 Usearch，合併雙端序列時都有許多參數可以設定。其中一個參數是合併時允許的錯配數量。這參數的必要性在於，即使順向和逆向序列都源於同一條 DNA，兩者的重疊區域仍會因為定序錯誤而略有差異。合併時允許少量的錯配數量能避免捨棄掉這些正確的序列。

然而，我們要怎麼知道洽當的錯配數量上限？使用預設值、反覆試誤、調查文獻都是常見的方法，不過我更想要知道能依照資料選定適用參數的策略。畢竟，如果能先推算出理論值，那麼測試時便有參考的基準，除了能縮減試誤時間，在寫論文或向他人解釋方法時也比較有依據。

因此，雖然在資料處理流程已成熟的今日，糾結參數設定可能被視為無關宏旨，我還是想以本文紀錄，自己思考這個問題的方向與看法。

哺乳動物的排遺樣本代表游離於腸道腔室的細菌（luminal microbes），黏膜樣本則反映棲居於腸道黏膜細菌（mucosal microbes）。許多研究指出，排遺樣本與黏膜樣本的細菌群落組成有別。

例如，在排序分析當中，樣本點往往依採樣部位分群。這意味著排遺樣本未必能反映腸道黏膜的細菌群落組成，而這些細菌的組成與宿主許多生理與疾病相關。

歌，是有序的聲音；聲音，則是波動的一種形式。若沒有變動與交互作用，也就不會產生聲音。因此，聲音也是網路的一項性質。

Haskell 以樹木為觀察對象，描述樹木與雨水、風、動植物、微生物等事物互動發出的聲響，揭示了看似孤立的樹，實則串聯萬物的生命史，形成龐雜的生命網路。