5uperb0y's blog

本書並非控訴，也非懺悔。它試圖報導一個被戰爭摧毀的世代——儘管有些人得以在炮火下幸免於難。

年輕人在追求國族主義的師長鼓吹下，即使帶有疑慮，仍在「民族」、「愛國」、「勇氣」等氛圍下從軍。然而，和崇高精神相悖的軍隊文化很快地磨耗青年人的熱情。軍隊唯一的目的是把所有人鑄成合格的士兵其中不注重思想，只在乎規矩和系統。

illumina 的 Miseq 和 Hiseq 平台常用於定序 16S rRNA 基因特定變異區的增幅產物。因為這兩平台皆屬雙端定序 (paired-end sequencing)，所以每一條 DNA 都會獲得順向和逆向的序列（即定序結果）。在資料處理時，須比對這對序列的重疊區域，再基於重疊區域合併雙方，才能重建出代表該 DNA 的完整序列。

不管使用的軟體為 FLASH 、PEAR 還是 Usearch，合併雙端序列時都有許多參數可以設定。其中一個參數是合併時允許的錯配數量。這參數的必要性在於，即使順向和逆向序列都源於同一條 DNA，兩者的重疊區域仍會因為定序錯誤而略有差異。合併時允許少量的錯配數量能避免捨棄掉這些正確的序列。

然而，我們要怎麼知道洽當的錯配數量上限？使用預設值、反覆試誤、調查文獻都是常見的方法，不過我更想要知道能依照資料選定適用參數的策略。畢竟，如果能先推算出理論值，那麼測試時便有參考的基準，除了能縮減試誤時間，在寫論文或向他人解釋方法時也比較有依據。

因此，雖然在資料處理流程已成熟的今日，糾結參數設定可能被視為無關宏旨，我還是想以本文紀錄，自己思考這個問題的方向與看法。

哺乳動物的排遺樣本代表游離於腸道腔室的細菌（luminal microbes），黏膜樣本則反映棲居於腸道黏膜細菌（mucosal microbes）。許多研究指出，排遺樣本與黏膜樣本的細菌群落組成有別。

例如，在排序分析當中，樣本點往往依採樣部位分群。這意味著排遺樣本未必能反映腸道黏膜的細菌群落組成，而這些細菌的組成與宿主許多生理與疾病相關。

歌，是有序的聲音；聲音，則是波動的一種形式。若沒有變動與交互作用，也就不會產生聲音。因此，聲音也是網路的一項性質。

Haskell 以樹木為觀察對象，描述樹木與雨水、風、動植物、微生物等事物互動發出的聲響，揭示了看似孤立的樹，實則串聯萬物的生命史，形成龐雜的生命網路。

未來，大概日本。
機器人應用行之有年。
人形機器人才剛實用化。

女孩小時候出了車禍成為植物人，二十年後奇蹟甦醒醒面對大不同的環境

七十九年前，薛丁格在都柏林三一學院的系列演講為鴿子尺寸提供了光學以外的解釋。¹

安德是被聯邦選中的天才，其個性不若他姊姊薇倫泰溫和得無法下手殺人，也不像他哥哥彼得殘暴得不能博取部屬信任，因此被聯邦培育為抵禦蟲族第三次入侵的領袖。

為使安德在絕望與孤立下激發潛能，他自出生以後，便活在上級注視及同儕欺凌的恐懼中。這些境遇在進入戰鬥學校中是每況愈下，例如長官會特意拔擢安德，以引起資淺者忌妒和資深者輕視。

此外，不合理的訓練要求接二連三，他辛苦建立的友情也被拆散。就連他姊姊薇倫泰，安德唯一的心理慰藉，也只是奉上級之命來關懷他。

模擬 DNA 轉錄 RNA 的過程，將給定 DNA 字串中的 T 替換為 U。

Given: A DNA string t having length at most 1000 nt.

Return: The transcribed RNA string of t.

(https://rosalind.info/problems/rna/)

距地球四十光年外的智慧生命為了開拓生存空間，向地球投射 Terra forming Bomb，一種行星改造奈米機器。不料，它們和地球生物共生後不斷演化，形成威脅地球人類生存的「擬態」

兩年前，我曾以聽眾的身分報名 MiTalk，如今總算有點結果可以參加口頭報告。趁著記憶猶新，我想紀錄此次工作坊的所見所得，並且借題敘述一些尚未獨立成篇的想法。

其中一個感悟是，以報告者的身分參加會議能增加聽講的敏感度和觀察面向。當聽眾時，關注的項目往往是相關研究或新奇題材。而經歷了準備報告的過程後，即使對講題不感興趣，也會留意講者的投影片設計、敘事結構、肢體語言和危機處理。

這些是準備報告的共同課題，所以每次聽講也能從多樣的示範中學習適合自己的解決辦法。