依照第一章的推理,生物及其生理過程有賴大量原子參與,來抵銷個別原子的隨機行為,以維持生存所需的宏觀秩序。

乍看之下,這項推論似乎符合當代多數的生物學觀察。畢竟個體由無數細胞組成,而細胞又由多樣的園子、分子和聚合物構築。即使是維繫生存最基本的呼吸作用,也需要大量的分子參與。這些園子的數量大小,吻合統計物理的要求,能讓物理和化學過程順利運作。

然而,在這章當中,我們可以看到維繫遺傳的關鍵因素,基因,相較於其穩定性,卻令人訝異地有著幾乎無法維持嚴格統計定律的數量。

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國中時,剛看完《星艦迷航記VIII:戰鬥巡航》的我向學校裡最接近外星生物專家的生物老師詢問是否真有外星人,他告訴我地球外還有許多星球,如果沒有其他生命也太奇怪了。

如同我的生物老師所述,對於地外生命的信心有很大一部分是建立在數量上,既然宇宙已經誕生百餘億年,當中又充滿無數星系,很難想像當中不會有其他生命存在。

然而宇宙的尺度也是經學界漫長掙扎才逐漸變得清晰,早在人類只能以肉眼觀察世界的時候,滿天繁星已不計其數,甚至至今我們對於宇宙中有多少顆適居行星仍沒有精確的估計。

天文生物學的發展不只是事實的累積,也是世代人觀念轉變的結果。

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問題描述

Given an array of integers nums and an integer target, return indices of the two numbers such that they add up to target.

求數列內,和為目標值的兩數之座標

樣例

Input: nums = [3,2,4], target = 6
Output: [1,2]

限制

  • 2 <= nums.length <= 104:數列長度介於 2 至 104 之間
  • -109 <= nums[i] <= 109:數列各項可能有負值
  • -109 <= target <= 109:目標值可能為負值
  • Only one valid answer exists.:僅有一組解
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問題描述

Given the sorted rotated1 array nums of unique elements, return the minimum element of this array.

平移一嚴格遞增數列各項 n 單位後,求此數列的最小值

樣例

Input: nums = [3,4,5,1,2]
Output: 1

須留意幾個樣例:數列只含一項、數列只含兩項、平移後與原數列相同、最小值位於數列尾部

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問題描述

Given an integer array nums, find the subarray which has the largest sum and return its sum.

給一整數數列,求其子數列級數的最大值。

樣例

Input: nums = [-2,1,-3,4,-1,2,1,-5,4]
Output: 6

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在執行腳本前,Nextflow 會讀取設置檔 (configuration files) 中的參數,將之代入腳本的對應位置後再執行程式。這項特性有助於使用者管理複雜流程的輸入值與環境設定,也將具體數值從流程邏輯抽離,讓開發者專注於流程的梳理與串接。

然而,隨著流程腳本改版,設置檔的內容也可能跟著改變,是否有方法能記錄執行流程時使用的設置檔,以利往後重現分析或追蹤歷次設定?

在這篇文中,我首先介紹了 nextflow 導入參數的方式,再陳述取回參數的可行策略,並附上這些策略的最簡範例供參考。

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一般而言,若想要背景執行 linux 指令,可在指令末端添加 &,或是透過 ctrl + z 配合 bg %n 將執行中的指令挪到背景執行。然而,nextflow 腳本卻不適用這種做法(version >= 21.10.6),指令挪到背景後會陷入停止狀態。

1
2
3
4
$ nextflow run workflow.nf &
[1] 533
Launching `workflow.nf` [sick_waddington] - revision: 123b1ec198
[2]+ Stopped nextflow run workflow.nf

一旦陷入停止狀態,會變得異常難清,要用 kill %n && fg 才能一次清掉(參考論壇的討論)。

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Given an integer array nums, return true if any value appears at least twice in the array, and return false if every element is distinct.

(給定一整數陣列,判斷其中是否含重複的數字。)

Example:

Input: nums = [1,2,3,1]
Output: true

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1953年,在試管裡的雷鳴閃電與水氣蒸騰之後,米勒與尤里成功在模擬的早期地球環境中合成胺基酸,開啟了研究生命起源的先河。

隨著多種有機質在實驗室合成或於隕石中發現,研究人員逐漸了解生命的物質來源。然而,散落各處的有機質需要彼此接觸才有機會引發生化反應。在早期環境中,有什麼物質能夠形成容器,匯集生命形成所需的反應物?

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All-Species Living Tree Project (LTP)1 旨在維護所有已知古菌和細菌 type strain 的 16S rRNA 基因序列,並基於這些序列,建立古菌和細菌的譜系樹。

LTP 主要由四個單位參與

(自 2020 年起,LTP 的遷出 SILVA,獨立為一個網頁:https://imedea.uib-csic.es/mmg/ltp/)

LTP 的資料常用於 16S rRNA 基因增幅序列的物種註解,而基於其收錄序列所構建的譜系樹,也能作為 Phylogenetic placement 的基礎2

另外,由於 LTP與 RDP training set 都只收錄了 type strain 的序列資料,所以相較於透過序列預測建立的資料庫,LTP 的序列資料較為可靠,能避免在物種註釋時,要在分類錯誤之外面臨資料庫錯誤的問題。

儘管 LTP 已是人工維護且品質好的資料庫,但目前版本 ( LTP_01_2022) 的部分物種資訊仍有誤騰的狀況。在官方修正這些問題之前,資料庫的使用者得自己訂正這些錯誤。

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