5uperb0y's blog

最近調查 VSCode 有哪些能幫助軟體開發的工具時，發現不少有趣的擴充套件，這些套件也許不能提升開發速度，但說不定能為百無聊賴、獨自 coding 的下午增添風格與生氣。

Nextflow 透過 channel 媒介 process 間的檔案傳遞，讓輸出入檔案以軟連結集中到 process 的工作目錄。不過若想從工作目錄取出分析的最終結果，有賴 publishDir directive 的協助。

在 Nextflow 的框架，channel 媒介了 process 間的資料傳遞。雖然資料進出 channel 遵循先進先出 (first-in, first out, FIFO) 原則，但隨後 nextflow 會平行處理這些資料，所以 process 釋出資料的順序取決於執行速率，而不是原先輸入的順序（見下例）。

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// demoEmitOrder.nf
process A {
    input:
        val num
    output:
        stdout
    """
    echo "${num}"
    """
}

workflow {
    nums = channel.of("1", "2", "3")
    nums.view()
    A(nums).view() 
}

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$ nextflow run demoEmitOrder.nf
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Nextflow 這項特性使得輸入彼此相依的資料時要格外留意，因為可能在定序產物品管時，發生不同樣本的順逆序列（例如：a_r1.fa 與 b_r2.fa 合併）的狀況；又或是使用 GATK 這類需要參考基因體的工具時，無法為 .fasta 找到對應 .dict 和 .fai 檔的情形。

因此，本文將介紹如何將想要一起輸入的檔案以及其辨識碼組合成 tuple （例如：["ID", "ID_r1.fastq", "ID_r2.fastq"]），確保成對資料同進同出，還能透過辨識碼與其它資料合併。

VSCode 有許多快捷鍵設置，本文記錄一些我覺得挺實用的設置

狀況描述

原本在 Windows 都能正常用 VSCode Remote SSH 連線伺服器，但一早卻發現連線失敗。當時，VSCode 不斷要求輸入密碼卻無法登入，”OUTPUT” 頁面提示的訊息節錄如下：

Failed to parse remote port from server output

Acquiring lock on /home/username/.vscode-server/bin/some-hash-code-here/vscode-remote-lock.username.some-hash-code-here

版本資訊：windows 21H2, VSCode 1.74.2

Process 是 nextflow 管理分析流程的基本單位，可包含能在 linux shell 執行的程式碼（例如 linux command, python code）、腳本（例如自訂的 hello-world.sh）與軟體（例如 GATK 或 FastQC）。 Process 之間彼此獨立，各有各的工作目錄，也可以分別設定其執行環境（例如 docker container 或 conda environment）。

Channel 則媒介了 process 間的資料交流，若不透過 channels 串接，process 間的檔案或變項無法共享。舉凡字串、數值、檔案路徑乃至標準輸出等，皆有對應的 qualifier 讓 nextflow 知道怎麼處理得自於 channel 的各式資料。

Vimium 是 Chrome 的一款擴充套件，它借鑒了 Vim 的鍵位設計與操作邏輯，讓用戶只需要鍵盤便能執行分頁管理、連結點擊與頁面瀏覽等操作。

由於瀏覽器終究不等同編輯器，所以 Vimium 並沒有移植 Vim 所有的功能與指令。然而，即使只納入 Vim 的部分性質，Vimium 仍顯著改善了 Chrome 的鍵盤瀏覽體驗。以點擊連結為例，Chrome 的預設作法是慢慢用 Tab 切到連結位置；Vimium 則會自動標記視窗內的連結，用戶只要鍵入標記字符即可開啟連結。因為最多輸入三個字即可開啟連結，所以有時甚至比滑鼠點擊還迅速。

對於習慣鍵鼠操作卻有心學習 Vim 的用戶而言，一時要以 Vim 取代既有的工作流程，可能是繁瑣且費時的過程。若先從 Vimium 著手，在體驗鍵盤瀏覽網頁的流暢感之餘，也能讓 Vim 操作的抽象性質融入日常生活（例如：查資料與逛論壇）。待初探了 Vim 的設計緣由，再逐步精進其他操作模式，也不失為一種學習 Vim 的可行策略。

本文紀錄一些有助於在 Vscode 使用 vim 的套件與快捷鍵設定。

上週碰到一個離奇的 bug，有支 nextflow 腳本可以順利執行，但會無聲無息地略過其中一個 process。該腳本執行後於終端吐出的訊息類似以下形式：

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$ nextflow run workflow.nf
[3c/9ab742] process > a1 [100%] 1 of 1 ✔
[8e/4eg429] process > a2 [100%] 1 of 1 ✔
[-        ] process > b1
[2f/0c0b71] process > c1 [100%] 1 of 1 ✔

為什麼想以鍵盤瀏覽網頁？滑鼠是為簡化繁瑣的鍵入指令而生，也與圖形介面的發展相輔相成。因此，當代網頁本來就適合以滑鼠瀏覽，純靠瀏覽器有限的快捷鍵反倒綁手綁腳。

然而，有時擁有自己的風格比起事情做的有效率還重要。本文就是我對於「用鍵盤瀏覽網頁」這項風格的探索與總結。

Style over Substance. It doesn’t matter how well you do something, as long as you look good doing it. （格調重於成效，只要你作風有形，事情幹得怎麼樣並不要緊。）

The core rulebook for Cyberpunk 2020