5uperb0y's blog

熱愛大海的異鄉少女八代，因為食物短缺而與家人各奔東西，不得不滯留在一個熱愛大地的部落。因為她與部落文化格格不入，所以只能自食其力。一日，部落的長老召喚八代，希望她能前往神之岩向神明求援，幫助他們對抗來自東方部族的威脅。神之岩位於部落外圍的海洋深處，據傳是部落守護神的住所。據目擊者描述，神之岩會發射光束摧毀任何靠近它的物體，所以八代深知此行必死無疑。然而，如果她拒絕這項命令，同樣會遭到其他敵視她的部族成員放逐。

給定兩條以 FASTA 格式儲存的 DNA 序列，求兩序列最長的共同子序列。

Given: Two DNA strings s and t (each having length at most 1 kbp) in FASTA format.

Return: A longest common subsequence of s and t. (If more than one solution exists, you may return any one.)

(https://rosalind.info/problems/lcsq/)

在船戶高中新學期的開始，兩名看似普通的新生——小鳩常悟朗和小佐內由紀，默默地遵守著一個不尋常的約定。他們決定成為安分守己的小市民，度過平靜安穩的高中生活。為了促成這項目標，他們彼此承諾，在發生危險時，對方可以用自己的名義脫身；在衝動不已時，自己也要提醒對方守住約定。然而，兩人追求的平穩生活，卻受到一系列事件打斷，讓他們不得不面對各自的陰暗本性。

透過 FASTQ 格式給定 s 與 t 兩個 DNA 字串，求 t 的各個字符依序出現在 s 中的位置，使得這些字符構成 s 的子序列（subsequence）。（只需提供其中一組解，不用列出所有可能的子序列位置。）

Given: Two DNA strings s and t (each of length at most 1 kbp) in FASTA format.

Return: One collection of indices of s in which the symbols of t appear as a subsequence of s. If multiple solutions exist, you may return any one.

(https://rosalind.info/problems/sseq/)

JupyterLab 是數據分析領域廣泛使用的互動式編輯器，它整合了文件編輯、程式碼編譯、圖像呈現與檔案管理等功能。這個編輯器最大的特色是支援 Notebook 這種多媒體文件格式，能夠將程式碼、說明文字與輸出結果同時呈現在同一份文件中。

這種設計帶來兩個主要優勢：首先，簡化了數據分析過程中的參數調試流程。開發人員可以在同一頁面上檢視結果並即時更新參數。其次，它促進了資訊與分析結果的交流。用戶可以通過文件內的描述了解分析背景與相關知識，從程式碼中掌握具體執行方式，同時能夠即時查看結果和相應說明。

JupyterLab 的另一個優勢在於它能夠建立伺服器，讓用戶通過瀏覽器進行操作，提供了一個現成的使用者介面。這一特性使得開發者無需額外花費精力在 UI 設計上，因此除了作為開發編輯器和資訊傳遞媒介外，JupyterLab 也被數據分析團隊或各類平台用作分析服務的工具。開發者可以在雲端伺服器上架設基於 JupyterLab/JupyterHub 的服務，使非技術背景的用戶也能夠連線使用這些分析工具。

我在本文要探討的，是如何在提供分析服務的情景下，透過調整系統設置來建立更精簡的 JupyterLab 介面，從而改善用戶的使用體驗。

給定一條 DNA 序列與其 intron 序列（兩者儲存於同一個 FASTA 檔案），求此序列經過轉錄、剪切與轉譯後所產生的蛋白質序列。

After identifying the exons and introns of an RNA string, we only need to delete the introns and concatenate the exons to form a new string ready for translation.

Given: A DNA string s (of length at most 1 kbp) and a collection of substrings of s acting as introns. All strings are given in FASTA format.

Return: A protein string resulting from transcribing and translating the exons of s. (Note: Only one solution will exist for the dataset provided.)

(https://rosalind.info/problems/splc/)

至今，我仍記得第一次競賽培訓，坐在 512 教室那骯髒而灰暗的生物實驗室裡，上午時分，人煙希罕，有些悠閒的感覺。

講完理論的阿灰老師開始介紹實驗，他強調︰

「做實驗時，你們要注意一些基本操作，不要給人見笑。我們學校培育出來的學生，要有不一樣的氣度，除了桌子整潔而且動作井然有序外，像是稀釋溶液或看顯微鏡等都要一步到位，不要在那邊滴半天、轉半天還調不出所需濃度、看不到東西！」

接著，他抽起不知為何插在筆筒裡的塑膠滴管︰

「你看這上頭寫著 3 cc，但你們就這樣相信了嗎？你們要去嘗試，統計滴管的實際容量，還有你們每次操作會擠出多少 cc！這樣調配溶液才會快而精準！」

「操作顯微鏡，沒有人從 40 倍開始看的啦！都是從 100 倍開始，你們要練習、練習再練習，直到不用注視目鏡，光看物鏡和物體的距離就能把焦距調好！」

聽到這些嚴格要求，當時的我油然升起「太帥了」的念頭。沒錯，每位實驗者都要有他獨門的必殺絕招，所以我也要有。

為了認識世界和交流想法，人類發明了度量衡制度。度量衡的發展不只與經濟產業的需求密切相關，也深受政治社會環境的影響。因此，不僅各個國家有其獨特的度量衡制度，不同產業也發展出各自慣用的度量衡系統。

這些系統既因為地域而異，也隨時間推進不斷演變。這本書的目的是介紹長度、面積、體積與重量等生活常見的度量衡單位，探討各個國家與產業的度量衡差異與其流變，並且探討這些差異與變化的可能成因。

（李開周（2020），從奈米到光年：有趣的度量衡簡史。）

Rosalind 是一個以生物資訊為主題的程式解題平台，它與 LeetCode 等解題網站類似，能提供測試資料並且自動核對用戶上傳的答案。不過，Rosalind 的特色在於它收錄了生物資訊領域的經典問題，例如序列比對、譜系分析與基因重組等。

因此，在解決這些問題的同時，不僅能熟悉程式語言特性和了解演算法內涵，還能學習如何將生物學問題轉換為資訊科學問題，培養建模思考的方式。

「你有去過橋下俱樂部嗎？」

橋下俱樂部，是我家鄉某個村民聯絡感情的地方。俱樂部的位置在中山高某段陸橋底下，旁邊則是一條長滿雜草的臭水溝。整個空間只有一個排球場大，高度也不高，稍微伸展就能摸到因車流而震動的橋底。

原本橋下沒什麼人的，好像某次有一整套家具被棄置到這邊，才吸引了沒事幹的中老年人聚到這，甚至一些被子女拋棄的老人把更多家具堆積到橋下，經營著自己真正的家。

我的舅舅對於這現象有個精闢的見解，他說橋下俱樂部是沒有神的地方。橋下正好位於那邊幾個宮廟的中心，由於橋下附近的居民離廟宇都很遠，所以一旦橋下俱樂部的硬體成形後，村民都聚集到這裡來了。

橋下俱樂部的興盛可能從我幼稚園開始，而衰退是什麼時候我不清楚，因為等我再次造訪橋下時，「橋下俱樂部」的塗鴉已經被抹去，先前堆積的雜物也被清空，只剩下公路工人在此小憩留下的菸蒂和飲料瓶。

新店溪左右岸兩岸的橋下俱樂部呈現某種不對稱性。

不對稱性的其中一層含義是某種事物比另一種多：重子不對稱性是重子的數量大與反重子，掌性不對稱是自然界的胺基酸多數左旋。而都市的不對稱性應該可以說是某種不平衡，例如區域的環境、硬體和人流組成差異等。